根据病人的特点，一般判断病人为三叉神经痛，应排除以下疾病，以避免造成误诊。
牙痛：三叉神经痛常被误诊为牙痛，有拔牙史。牙痛为持续性，多局限于齿龈部，不因外来因素而加剧或诱发。
三叉神经炎：可由多种疾病引起，疼痛为持续性，压迫神经分支处可加剧，病程也相对较短。
舌咽神经痛：是由颅内的另一支神经(舌咽神经)引起，疼痛部位在舌根，软腭、咽部等。常在进食、吞咽、说话时诱发。在咽部喷涂表面麻醉剂可止痛。
蝶腭神经痛：可能与鼻窦感染有关。发作时病侧鼻粘膜充血、阻塞，流泪。做蝶腭神经节封闭有效。
继发性三叉神经痛：病因主要为颅内三叉神经根本身或周围有肿瘤或血管畸形等，对神经造成刺激、压迫所致。病人的表现一般没有特异性。因此当患者诊断为三叉神经痛时，最好应做头颅CT或核磁共振检查以排除颅内其他病变，避免延误治疗。
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